covid19.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 # Any copyright is dedicated to the Public Domain.
   4 # https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/
   5
   6 # Written by Francois Fleuret <francois@fleuret.org>
   7
   8 import os, time
   9 import numpy, csv
  10 import matplotlib.pyplot as plt
  11 import matplotlib.dates as mdates
  12 import urllib.request
  13
  14 ######################################################################
  15
  16 def gentle_download(url, delay = 86400):
  17     filename = url[url.rfind('/') + 1:]
  18     if not os.path.isfile(filename) or os.path.getmtime(filename) < time.time() - delay:
  19         print(f'Retrieving {url}')
  20         urllib.request.urlretrieve(url, filename)
  21     return filename
  22
  23 ######################################################################
  24
  25 nbcases_filename = gentle_download(
  26     'https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_confirmed_global.csv'
  27 )
  28
  29 ######################################################################
  30
  31 with open(nbcases_filename, newline='') as csvfile:
  32     reader = csv.reader(csvfile, delimiter=',')
  33     times = []
  34     nb_cases = {}
  35     time_col = 5
  36     for row_nb, row in enumerate(reader):
  37         for col_nb, field in enumerate(row):
  38             if row_nb == 0 and col_nb >= time_col:
  39                 times.append(time.mktime(time.strptime(field, '%m/%d/%y')))
  40             if row_nb >= 1:
  41                 if col_nb == 1:
  42                     country = field
  43                     if not country in nb_cases:
  44                         nb_cases[country] = numpy.zeros(len(times))
  45                 elif col_nb >= time_col:
  46                     # if field == '': field = '0'
  47                     nb_cases[country][col_nb - time_col] += int(field)
  48
  49 countries = list(nb_cases.keys())
  50 countries.sort()
  51 print('Countries: ', countries)
  52
  53 nb_cases['World'] = sum(nb_cases.values())
  54
  55 ######################################################################
  56
  57 fig = plt.figure()
  58 ax = fig.add_subplot(1, 1, 1)
  59
  60 ax.yaxis.grid(color='gray', linestyle='-', linewidth=0.25)
  61 ax.set_title('Nb. of COVID-19 cases')
  62 ax.set_xlabel('Date', labelpad = 10)
  63 ax.set_yscale('log')
  64
  65 myFmt = mdates.DateFormatter('%b %d')
  66
  67 ax.xaxis.set_major_formatter(myFmt)
  68 dates = mdates.epoch2num(times)
  69
  70 for key, color, label in [
  71         ('World', 'blue', 'World'),
  72         ('Switzerland', 'red', 'Switzerland'),
  73         ('France', 'lightgreen', 'France'),
  74         ('US', 'black', 'USA'),
  75         ('Korea, South', 'gray', 'South Korea'),
  76         ('Italy', 'purple', 'Italy'),
  77         ('China', 'orange', 'China')
  78 ]:
  79     ax.plot(dates, nb_cases[key],
  80             color = color, label = label, linewidth = 2)
  81
  82 ax.legend(frameon = False)
  83
  84 plt.show()
  85
  86 fig.savefig('covid19_nb_cases.png')
  87
  88 ######################################################################