covid19.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 # Any copyright is dedicated to the Public Domain.
   4 # https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/
   5
   6 # Written by Francois Fleuret <francois@fleuret.org>
   7
   8 import os, time
   9 import numpy, csv
  10 import matplotlib.pyplot as plt
  11 import matplotlib.dates as mdates
  12 import urllib.request
  13
  14 url = 'https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19/raw/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_19-covid-Confirmed.csv'
  15
  16 file = url[url.rfind('/')+1:]
  17
  18 ######################################################################
  19
  20 if not os.path.isfile(file) or os.path.getmtime(file) < time.time() - 86400:
  21     print('Retrieving file')
  22     urllib.request.urlretrieve(url, file)
  23
  24 ######################################################################
  25
  26 with open(file, newline='') as csvfile:
  27     reader = csv.reader(csvfile, delimiter=',')
  28     times = []
  29     nb_cases = {}
  30     time_col = 5
  31     for row_nb, row in enumerate(reader):
  32         for col_nb, field in enumerate(row):
  33             if row_nb >= 1 and col_nb == 1:
  34                 country = field
  35                 if not country in nb_cases:
  36                     nb_cases[country] = numpy.zeros(len(times))
  37             if row_nb == 0 and col_nb >= time_col:
  38                 times.append(time.mktime(time.strptime(field, '%m/%d/%y')))
  39             if row_nb >= 1:
  40                 if col_nb >= time_col:
  41                     nb_cases[country][col_nb - time_col] += int(field)
  42
  43 countries = list(nb_cases.keys())
  44 countries.sort()
  45 print('Countries: ', countries)
  46
  47 nb_cases['World'] = sum(nb_cases.values())
  48
  49 ######################################################################
  50
  51 fig = plt.figure()
  52 ax = fig.add_subplot(1, 1, 1)
  53
  54 ax.yaxis.grid(color='gray', linestyle='-', linewidth=0.25)
  55 ax.set_title('Nb. of COVID-19 cases')
  56 ax.set_xlabel('Date', labelpad = 10)
  57 ax.set_yscale('log')
  58
  59 myFmt = mdates.DateFormatter('%b %d')
  60
  61 ax.xaxis.set_major_formatter(myFmt)
  62 dates = mdates.epoch2num(times)
  63
  64 for key, color, label in [
  65         ('World', 'blue', 'World'),
  66         ('Switzerland', 'red', 'Switzerland'),
  67         ('France', 'lightgreen', 'France'),
  68         ('US', 'black', 'USA'),
  69         ('Korea, South', 'gray', 'South Korea'),
  70         ('Italy', 'purple', 'Italy'),
  71         ('China', 'orange', 'China')
  72 ]:
  73     ax.plot(dates, nb_cases[key], color = color, label = label, linewidth=2)
  74
  75 ax.legend(frameon = False)
  76
  77 plt.show()
  78
  79 fig.savefig('covid19.png')
  80
  81 ######################################################################